インボイス経過措置が2026年10月に縮小｜経理の実務対応

「2026年10月にインボイス制度の何かが変わるらしい」。そう聞いたことはあっても、具体的に何がどう変わり、自社の経理業務にどんな影響が出るのかを把握できている担当者は多くありません。

2023年10月にインボイス制度が始まってから2年半。制度開始時に設けられた「経過措置」が、2026年10月1日を境に縮小されます。免税事業者からの仕入税額控除率が80%から70%に下がり、元免税事業者向けの「2割特例」も終了します。民間調査によると、インボイス制度導入後に7割以上の経理担当者が業務負担の増加を実感しており（参照: ミロク情報サービス「経理担当者の働き方実態調査」）、ここからさらに負荷が上がる変更が控えているわけです。

この記事では、2026年10月の変更内容を正確に整理したうえで、経理の現場で何を・いつまでに準備すべきかを実務目線で解説します。

経過措置の変更内容――80%→70%への引き下げと多段階化

インボイス制度の経過措置とは、適格請求書発行事業者（インボイス発行事業者）以外の免税事業者からの仕入れについて、一定割合の仕入税額控除を認める暫定措置です。制度開始から段階的に控除率を引き下げ、最終的にはゼロにする設計で始まりました。

当初の3段階から5段階に見直し

もともとの制度設計では、80%→50%→0%の3段階で2029年10月に経過措置が終了する予定でした。ところが令和8年度の与党税制改正大綱で、「激変緩和の観点から適用期間を延長し、控除割合をさらに多段階化する」方針が示され、5段階に改められました（参照: 税理士法人ウィズ「令和8年10月から変更 インボイスの経過措置」）。

期間	控除率	買い手が負担する割合
2023年10月〜2026年9月	80%	20%
2026年10月〜2028年9月	70%	30%
2028年10月〜2030年9月	50%	50%
2030年10月〜2031年9月	30%	70%
2031年10月〜	0%	100%

当初予定の3段階であれば2026年10月に一気に50%まで下がるはずでした。多段階化によって70%に緩和されたとはいえ、買い手の実質負担は20%から30%に拡大します。「50%じゃなくて70%だから大丈夫」と楽観するのは危険です。

なぜ経理担当者はこの変更を見落とすのか

税制改正大綱の発表は例年12月末です。経理にとって12月末は年末調整と年次決算準備が重なる繁忙期であり、改正内容を精読する余裕がありません。加えて、「80%→70%」という10ポイントの変更は地味に見え、社内で共有されにくい。結果として、多くの企業で「知っていたが準備していない」という状態が発生しています。

2割特例の終了と3割特例の新設

経過措置の控除率引き下げと同じタイミングで、もう一つの大きな変更があります。「2割特例」の終了です。

2割特例とは

2割特例は、インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者に転換した事業者が利用できる簡便措置です。仕入税額の実額計算が不要で、売上にかかる消費税の2割だけを納付すればよいという仕組みでした。個人事業主・法人ともに利用でき、事務負担の大幅な軽減効果がありました。

この2割特例は、2026年9月30日を含む課税期間をもって終了します（参照: 実務ガイド「インボイス制度2026年10月改正」）。

3割特例の新設――ただし個人事業主限定

2割特例の廃止に合わせて、新たに「3割特例」が創設されます。売上税額の30%を納付する方式で、2割特例よりも納税額は増えますが、本則課税と比べれば事務負担は軽い制度です。

ただし注意すべき制約があります。

• 対象は個人事業主のみ（法人は利用不可）
• 適用期間は2027年〜2028年の課税期間に限定（2年間の時限措置）
• 簡易課税選択届出書を既に提出している場合、3割特例を使うには不適用届出書の提出が必要

法人で2割特例を利用していた場合、2026年10月以降は本則課税か簡易課税のいずれかに切り替える必要があります。切り替え先の選択を誤ると、納税額が大きく変わります。

納税額シミュレーション

年商600万円のITフリーランス（第5種事業）の場合、納税額は以下のように変わります。

期間	適用制度	年間納税額（概算）
〜2026年9月	2割特例	約10.9万円
2027年〜2028年	3割特例	約16.4万円
2029年〜	簡易課税（第5種・50%）	約27.3万円

2割特例の終了から簡易課税への移行で、納税額は約2.5倍に跳ね上がります。この数字を見て「やはり免税事業者に戻りたい」と考える事業者も出てきますが、一度登録した適格請求書発行事業者の登録を取り消すと取引先から外される可能性があり、慎重な判断が求められます。

影響を受ける企業――「うちは関係ない」は本当か

経過措置の縮小は、免税事業者との取引があるすべての課税事業者に影響します。「インボイス発行事業者としか取引していないから関係ない」と考えている企業でも、実際にはどこかに免税事業者との接点があるケースが少なくありません。

免税事業者が多い業種・取引先

以下のような取引先には免税事業者が含まれている可能性が高い領域です。

• 個人のフリーランス: デザイナー、ライター、エンジニア、コンサルタント
• 一人親方: 建設業、運送業の個人事業者
• 不動産オーナー: 居住用以外の賃貸物件のオーナー
• 小規模農家・生産者: 直接仕入れを行っている場合
• 副業ワーカー: 業務委託で発注している個人

影響の大きさは「免税事業者との取引割合」で決まる

免税事業者からの仕入れが全体の5%以下であれば、控除率が70%に下がっても金額的なインパクトは限定的です。一方、仕入先の2〜3割が免税事業者という企業では、年間で数十万円〜数百万円の追加負担が発生し得ます。

免税事業者からの年間仕入額（税抜）	80%控除時の負担	70%控除時の負担	年間増加額
100万円	2万円	3万円	+1万円
500万円	10万円	15万円	+5万円
1,000万円	20万円	30万円	+10万円
3,000万円	60万円	90万円	+30万円

「10ポイントの変更」と聞くと小さく感じますが、免税事業者からの仕入規模が大きい企業にとっては無視できない数字です。しかも、2028年10月にはさらに50%に下がるため、中長期で見れば影響は加速度的に拡大します。

経理業務への具体的影響――何がどう変わるか

控除率の変更は、経理の日常業務にどんな形で影響するのか。具体的な業務フローに沿って整理します。

税区分の変更と会計ソフトの設定

2026年9月30日までの取引と10月1日以降の取引では、免税事業者からの仕入れに適用する税区分が異なります。

• 9月30日まで:「経過措置80%控除対象仕入」
• 10月1日から:「経過措置70%控除対象仕入」

会計ソフトのアップデートで自動切替される製品もありますが、すべての会計ソフトが自動対応するわけではありません。特に中小企業で使われることの多いオンプレミス型のソフトでは、手動で税区分マスタを追加する作業が必要になることがあります。

OBC（奉行シリーズ）の解説記事では、インボイス制度導入後に税区分が従来の約3倍に増加したと報告されています（参照: OBC「インボイス制度で支払側の実務はどう変わる？」）。70%控除用の税区分が加わることで、仕訳入力時の判断ポイントがさらに増えます。

期間またぎ取引の処理

9月決算の法人や、9月〜10月にまたがる継続的役務提供（家賃・リース料・保守契約など）では、同一事業年度内に80%と70%の2つの控除率が混在します。

**判定基準は「引渡日」**です。9月中に役務提供が完了した分は80%、10月以降に提供された分は70%。月額固定の契約であれば、9月分と10月分で控除率を変える必要があります。この期間按分の処理は、月次決算の工数を確実に押し上げます。

帳簿記載要件の変更

経過措置の適用を受けるには、帳簿に「経過措置の適用を受ける旨」を記載する義務があります。「80%控除対象」と書いていたものを、2026年10月以降は「70%控除対象」に変更する必要があります。

この記載を怠ると、経過措置自体が適用されず、仕入税額控除が全額否認されるリスクがあります。「たかが帳簿の文言」と思いがちですが、税務調査で指摘される実務上のポイントです。

仕入税額控除の計算変更――実例で理解する

経理担当者が最も頭を悩ませるのは、仕入税額控除の計算方法です。具体的な数字で確認します。

計算の基本構造

免税事業者からの税込仕入額が110万円（税抜100万円、消費税10万円）の場合。

2026年9月までの計算（80%控除）

仕入税額 = 110万円 × 7.8 ÷ 110 = 7.8万円（国税分） 控除額 = 7.8万円 × 80% = 6.24万円

2026年10月以降の計算（70%控除）

仕入税額 = 110万円 × 7.8 ÷ 110 = 7.8万円（国税分） 控除額 = 7.8万円 × 70% = 5.46万円

差額は0.78万円。1件あたりの差額は小さく見えますが、免税事業者からの月間仕入が50件あれば、月額で約3.9万円、年額で約46.8万円の追加負担です。

軽減税率8%が絡む場合

食料品等の仕入れで軽減税率8%が適用される場合は、計算式の「7.8÷110」が「6.24÷108」に変わります。通常税率と軽減税率が混在する取引先があれば、1枚の請求書の中で2つの税率 × 経過措置の控除率を適用する計算が必要です。

消費税申告書への反映

期中に控除率が変わるため、消費税の確定申告書では80%控除期間と70%控除期間を別集計する必要があります。特に9月決算法人は、1つの事業年度内に2つの控除率が併存するため、申告書の作成工数が例年より増加します。

申告区分	集計対象期間	控除率
経過措置（前半）	期首〜2026年9月30日	80%
経過措置（後半）	2026年10月1日〜期末	70%
適格請求書あり	通期	100%
適格請求書なし（経過措置対象外）	通期	0%

請求書チェック体制の強化が必要な理由

経過措置の控除率が段階的に引き下げられるほど、「この請求書はインボイスか否か」の判定精度が経理の損益に直結します。

インボイスと非インボイスの仕分けミスのコスト

インボイス（適格請求書）を非インボイスとして処理してしまうと、100%控除できるはずの仕入税額が70%しか控除されず、差額の30%分が過大な納税になります。逆に、非インボイスをインボイスとして処理すると、税務調査で過少申告を指摘されるリスクがあります。

どちらのミスも会社の損失です。毎月数百枚の請求書を受領する企業であれば、仕分けミスが月に数件発生するだけで年間数十万円のインパクトが出ます。

チェックすべき項目

受領した請求書について、以下を確認する必要があります。

• 登録番号の有無: 「T + 13桁の法人番号」が記載されているか
• 登録番号の有効性: 国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで番号が有効か
• 税率ごとの区分記載: 10%対象と8%対象が明確に区分されているか
• 消費税額の端数処理: 1請求書につき税率ごとに1回の端数処理であるか

このチェックを1件ずつ手作業で行うのは現実的ではありません。月間処理枚数が300件を超える企業では、AI-OCRによる自動読取と登録番号の自動照合を組み合わせた体制が不可欠になってきます。

取引先マスタの定期メンテナンス

登録番号は、取引先が自主的に取り消すことがあります。「昨年まではインボイス発行事業者だったが、今期から免税事業者に戻った」というケースが今後増える可能性があります。取引先マスタの登録番号ステータスを四半期ごとに再確認する運用を入れておかないと、いつの間にか「非インボイスの請求書に100%控除を適用していた」という事態が起きかねません。

2026年10月までに準備すべきこと――タイムライン

変更内容を把握したら、次は具体的な準備です。時期ごとの優先順位を整理します。

2026年6月まで（最優先）

1. 免税事業者との取引一覧を作成する

自社の仕入先・外注先の中で、適格請求書発行事業者の登録をしていない取引先を一覧化します。取引先ごとの年間仕入額を集計し、控除率が70%に下がった場合の追加負担額を試算してください。

2. 2割特例を使っている取引先への確認

自社が2割特例を利用している場合は、次の計算方式（3割特例・簡易課税・本則課税）を決定します。簡易課税を選択する場合、届出書の提出期限は原則として適用を受けようとする課税期間の前日（12月決算法人なら2026年12月31日）です。

3. 社内周知

経理部門だけでなく、発注・調達を行う現場部門にも「免税事業者との取引が自社の税負担に影響する」ことを共有します。新規取引先の選定時に、インボイス登録の有無を確認するフローを入れるのはこのタイミングです。

2026年9月まで（重要）

4. 会計ソフトのアップデート・設定変更

「70%控除対象仕入」の税区分が正しく動作するか、テスト入力で検証します。9月決算法人は、期中に2つの控除率が混在するため、集計・申告ロジックが正しいかも確認してください。

5. 免税事業者との価格交渉（該当する場合）

控除率の引き下げで増加する税負担を取引価格に反映する交渉を行う場合は、一方的な値下げ要求にならないよう注意してください。公正取引委員会は、免税事業者に対する取引条件の一方的な変更を「優越的地位の濫用」として問題視しています。十分な協議期間（3〜6ヶ月）を設け、交渉の記録を書面で残すことが重要です（参照: 実務ガイド「インボイス制度2026年10月改正」）。

2026年10月以降

6. 初月の月次決算で70%控除が正しく適用されているか検証

10月度の月次決算を締める際に、免税事業者からの仕入に対して70%控除が正しく計算されているかを確認します。ここで差異が出ていれば、会計ソフトの設定か仕訳入力のルールに問題があります。

時期	対応項目	担当
6月まで	免税事業者取引一覧の作成・負担試算	経理
6月まで	計算方式の選択（2割特例利用者）	経理・税理士
6月まで	社内周知・発注フロー見直し	経理・調達
9月まで	会計ソフト設定変更・テスト	経理・情シス
9月まで	取引先との価格交渉（該当者）	経理・調達
10月	初月の月次決算検証	経理

BPOという選択肢――「仕分け判定」を外に出す

経過措置の縮小によって経理業務が複雑化する中、すべてを社内で完結させようとすると、担当者の負荷が限界を超えるケースがあります。特に以下のような企業は、請求書処理のBPO（業務プロセスアウトソーシング）を検討する価値があります。

• 月間の請求書受領枚数が300件以上
• 取引先に免税事業者が20社以上含まれている
• 経理担当者が1〜2名で、インボイスの仕分け判定に月5時間以上かけている
• 会計ソフトの税区分設定に不安がある

BPOに委託できる範囲

請求書処理のBPOでは、以下の工程をまとめて外部に移転できます。

1. 請求書の受領・仕分け: インボイスか否かの判定
2. 登録番号の有効性確認: 国税庁公表サイトとの照合
3. データ入力: 会計ソフトへの仕訳登録（税区分の正確な適用を含む）
4. 経過措置の適用判定: 取引日に基づく控除率の自動判定

経過措置の控除率が変わるたびに社内ルールを改訂し、担当者全員に周知し、設定を変更する――この繰り返しコストは、2028年、2030年、2031年にも発生します。BPOに委託していれば、控除率の変更は委託先のオペレーション側で吸収されるため、社内の経理担当者は確認と承認に集中できます。

請求書入力代行の費用感や選び方の詳細は、請求書入力代行の費用相場と失敗しない選び方で解説しています。

内製 vs BPO のコスト比較

月400件の請求書を処理し、うち80件が免税事業者からの仕入れという企業を想定します。

項目	内製対応	BPO委託
インボイス仕分け判定	月8時間（経理担当者）	BPO側で実施
登録番号の有効性確認	月3時間	BPO側で実施
データ入力・仕訳	月20時間	BPO側で実施
月次確認・承認	月5時間	月3時間
月間工数合計	36時間	3時間
月額コスト換算（時給3,000円）	108,000円	BPO費用 + 9,000円

BPO費用が月額5万円前後であれば、月間工数の削減効果（33時間）を金額換算した99,000円との差し引きで、実質的なコスト増はほぼゼロです。浮いた33時間を月次決算の早期化や管理会計に充てられる点まで含めると、投資対効果は高いと言えます。

なお、電子帳簿保存法への対応も同時に進める必要がある企業は、請求書の電子化義務 2026年版・電帳法の落とし穴と現場対応も併せて参照してください。インボイスと電帳法の両方に対応した運用設計を一括で行うほうが、二重の手戻りを防げます。

中長期で見たインボイス経過措置のロードマップ

2026年10月は、経過措置縮小の「始まり」にすぎません。今後のスケジュールを見据えた体制づくりが必要です。

時期	変更内容	経理への影響
2026年10月	控除率80%→70%、2割特例終了	税区分変更、計算方式見直し
2028年10月	控除率70%→50%	免税事業者取引の税負担がさらに拡大
2030年10月	控除率50%→30%	免税事業者との取引継続の判断期限
2031年10月	控除率30%→0%（経過措置終了）	免税事業者からの仕入は全額控除不可

最終的に2031年10月以降、免税事業者からの仕入税額控除はゼロになります。それまでの5年間で、取引先のインボイス登録状況を段階的に把握し、必要に応じて取引条件の見直しや取引先の切替えを計画的に進めていく必要があります。

「2026年10月の対応だけで終わり」と考えるのではなく、2031年10月をゴールとした5年間の移行計画を今から描いておくことが、結果的に最もコストの小さい対応です。

一人で経理を回している企業では、こうした制度変更のたびに情報収集と社内対応の両方を一人で担うことになります。その負荷が限界に近い場合は、一人経理の限界とは？リスクと外注で抜け出す方法も参考になるはずです。

まとめ

2026年10月のインボイス制度変更は、「経過措置の控除率80%→70%」と「2割特例の終了」の2つが柱です。

• 経過措置は令和8年度税制改正で5段階に多段階化。70%→50%→30%→0%と2031年まで段階的に縮小
• 2割特例終了後、個人事業主は3割特例（2年限定）が使えるが、法人は本則課税か簡易課税に切替え必須
• 免税事業者との取引がある企業は、追加の税負担を試算し、6月までに対応方針を決めるべき
• 税区分の変更・帳簿記載の修正・会計ソフトの設定更新を9月中に完了させる
• 請求書のインボイス判定精度が損益に直結するため、チェック体制の強化またはBPO活用を検討する

今回の変更は、2031年10月の経過措置完全終了に向けた5年間の移行の第一歩です。目先の10ポイントの変更だけに目を奪われず、中長期のロードマップを踏まえた体制整備を進めてください。